Potreba uvoľniť viac než napäté vzťahy medzi veľmocami a prelomiť začarovaný kruh bezpečnostnej dilemy počas studenej vojny viedla k vzniku stálej konferencie venovanej bezpečnosti a spolupráci v Európe. Jej výsledkom bolo nielen „desatoro“ európskej bezpečnosti v podobe Helsinského záverečného aktu, ale aj ďalšie piliere európskej bezpečnosti vo všetkých dimenziách. Dynamika tohto procesu sa inštitucionalizovala v podobe Organizácie pre bezpečnosť a spoluprácu, ktorá plní nezastupiteľnú úlohu v širšej európskej bezpečnosti. V rámci výskumného programu máme za cieľ kriticky analyzovať súčasné dianie, ktoré spadá do teritoriálnej a tematickej pôsobnosti OBSE. Zároveň máme ambíciu stať sa aktívnou súčasťou nadnárodnej diskusie o budúcnosti bezpečnosti a spolupráce v Európe vo všetkých dimenziách: politicko-vojenskej, ekonomicko-environmentálnej a ľudsko-právnej. Využívajúc existujúce know-how SFPA, zameriavame sa najmä na regióny východnej Európy, Balkánu a strednej Ázie.

Výskumný program Európska únia sa venuje inštitúciám EÚ, úlohe a prioritám členských krajín a vonkajším vzťahom EÚ. Predstavuje platformu pre pravidelné hodnotenie stavu EÚ a európskej politiky SR. Program sa podieľa na príprave bilaterálnych fór a reflexných skupín s praktikmi a odborníkmi z iných členských krajín. Výskumný program podporuje verejnú diskusiu o Európskej únii naprieč Slovenskom cez projekt Café Európa.

Výskumný program Hospodárska a rozvojová politika je komplexným a prierezovým programom, ktorý sa zameriava na výskum a analýzu jednak hospodárskej politiky Slovenskej republiky, krajín Vyšehradskej štvorky, EÚ, západného Balkánu, východnej Európy s dôrazom na Ukrajinu, Moldavsko a Rusko, regionálnu politiku a regionálny rozvoj na nadnárodnej, národnej i regionálnej úrovni, cezhraničnú spoluprácu, hospodársku a kohéznu politiku EÚ, ako aj rozvojovú politiku a jej dopady/efekty tak samotnej Slovenskej republiky, ako aj krajín V4, či EÚ resp. EÚ ako celku. Významnou súčasťou programu je organizácia odborných podujatí, publikačná činnosť, ako aj vzdelávanie a práca s verejnosťou.

Program Medzinárodná bezpečnosť sa venuje aktuálnym otázkam bezpečnosti v Euro-atlantickom a Eurázijskom priestore. Prioritou programu je výskum v oblastiach spojených s národnou bezpečnosťou SR, vnímania bezpečnostných hrozieb a výziev, a postavenia SR v medzinárodných organizáciách NATO, EÚ, OBSE a OSN. Ďalšie výskumné témy zahŕňajú problematiku zamrznutých konfliktov v post-Sovietskom priestore, bezpečnostnej politiky USA a Ruskej federácie, medzinárodného terorizmu, a iných vojenských a nevojenských aspektov bezpečnosti.

V rámci svojej stredoeurópskej dimenzie sa program zameriava na existujúce formy regionálnej sspolupráce v strednej Európe, s primárnym dôrazom na Vyšehradskú štvorku, ako aj na bilaterálne vzťahy Slovenska so susednými krajinami: Českou republikou, Maďarskom a Poľskom, ako aj Rakúskom. Druhú dimenziu predstavuje región juhovýchodnej Európy, respektíve západného Balkánu. Popri analýze integračného procesu krajín západného Balkánu do Európskej únie sa program orientuje aj na regionálnu spoluprácu, v neposlednom rade tiež na bilaterálne vzťahy Slovenska s jednotlivými krajinami.

Program Východná Európa je zameraný na výskum vnútornej a zahraničnej politiky krajín východnej Európy (Ruská federácia a krajiny Východného partnerstva), ich vzájomných vzťahov, bilaterálnych vzťahov SR s týmito krajinami rovnako ako i vzťahov týchto krajín s EÚ a NATO. Osobitná pozornosť je venovaná výskumu politiky EÚ voči týmto krajinám, vrátane Európskej politiky susedstva od roku 2004 a Východného partnerstva od roku 2008. Výskumné aktivity v rámci programu slúžia pre lepšie poznanie vnútornej a zahraničnej politiky krajín východnej Európy a pre vypracovávanie odporúčaní pre zahraničnú politiku SR voči týmto krajinám v bilaterálnych vzťahoch alebo na pôde medzinárodných organizácií. Súčasťou programu sú i rozvojové projekty, ktoré RC SFPA realizuje v Ukrajine, Gruzínsku a Moldavsku, s cieľom podporiť ich zbližovanie sa s EÚ.